Видео не обязательно. Формат mp4 GDSMux делает неполноценный. Попробуйте указать расширение .mkv. А потом уже пересобрать потоки в контейнер mp4. Использовать, например My mp4box GUI
Подать на вход видео-поток из mkv, аудио-поток - из исходного файла.