Она и не должна сохраняться, если была включена из SVP. Так задумано из-за того, что это тяжелый для процессора не самый качестенный деинтерлейс на крайний случай, если все остальные варианты недоступны.
Предлагаю использовать аппаратный деинтерлейс в LAV-декодере.
Если же по какой-то причине хочется именно ffdShow-деинтерлейс, включенный постоянно, то включайте его в меню ffdShow в трее.