Trancoding says 1920x1080 @0 -> 1920x1080 @0 ???

It happens on all 13 episodes of an anime. Every other file seems fine.

General
Unique ID                                : 192340244962448966156207227230684013663 (0x90B3623C062DEE69A734C3782165645F)
Complete name                            : S:\Anime\Natsume Yuujinchou\ichi\Natsume Yuujinchou 01.mkv
Format                                   : Matroska
Format version                           : Version 2
File size                                : 676 MiB
Duration                                 : 23 min 52 s
Overall bit rate mode                    : Variable
Overall bit rate                         : 3 958 kb/s
Encoded date                             : UTC 2011-07-10 21:19:50
Writing application                      : mkvmerge v4.8.0 ('I Got The...') built on May 24 2011 03:12:58
Writing library                          : libebml v1.2.0 + libmatroska v1.1.0
Attachments                              : kilroywashere.TTF / BAARS___.TTF / inkburrow.TTF / INTERNATIONALPLAYBOY.TTF / kaela.TTF / SYDNEY20.TTF

Video
ID                                       : 1
Format                                   : AVC
Format/Info                              : Advanced Video Codec
Format profile                           : High@L4
Format settings                          : CABAC / 4 Ref Frames
Format settings, CABAC                   : Yes
Format settings, Reference frames        : 4 frames
Muxing mode                              : Header stripping
Codec ID                                 : V_MPEG4/ISO/AVC
Width                                    : 1 920 pixels
Height                                   : 1 080 pixels
Display aspect ratio                     : 16:9
Frame rate mode                          : Variable
Color space                              : YUV
Chroma subsampling                       : 4:2:0
Bit depth                                : 8 bits
Scan type                                : Progressive
Writing library                          : x264 core 112
Encoding settings                        : cabac=1 / ref=3 / deblock=1:1:1 / analyse=0x3:0x113 / me=hex / subme=7 / psy=1 / psy_rd=0.40:0.00 / mixed_ref=1 / me_range=16 / chroma_me=1 / trellis=1 / 8x8dct=1 / cqm=0 / deadzone=21,11 / fast_pskip=1 / chroma_qp_offset=-2 / threads=6 / sliced_threads=0 / nr=0 / decimate=1 / interlaced=0 / constrained_intra=0 / bframes=3 / b_pyramid=2 / b_adapt=2 / b_bias=0 / direct=1 / weightb=1 / open_gop=0 / weightp=2 / keyint=300 / keyint_min=29 / scenecut=40 / intra_refresh=0 / rc_lookahead=50 / rc=crf / mbtree=1 / crf=16.0 / qcomp=0.60 / qpmin=3 / qpmax=51 / qpstep=4 / ip_ratio=1.40 / aq=1:0.60
Language                                 : Japanese
Default                                  : Yes
Forced                                   : No
Color range                              : Limited
Color primaries                          : BT.709
Transfer characteristics                 : BT.709
Matrix coefficients                      : BT.709

Audio
ID                                       : 2
Format                                   : FLAC
Format/Info                              : Free Lossless Audio Codec
Codec ID                                 : A_FLAC
Duration                                 : 23 min 52 s
Bit rate mode                            : Variable
Channel(s)                               : 2 channels
Channel layout                           : L R
Sampling rate                            : 48.0 kHz
Bit depth                                : 16 bits
Compression mode                         : Lossless
Writing library                          : libFLAC 1.2.1 (UTC 2007-09-17)
Language                                 : Japanese
Default                                  : Yes
Forced                                   : No

Text
ID                                       : 3
Format                                   : ASS
Codec ID                                 : S_TEXT/ASS
Codec ID/Info                            : Advanced Sub Station Alpha
Compression mode                         : Lossless
Language                                 : English
Default                                  : Yes
Forced                                   : No

Menu
00:00:00.000                             : en:Opening
00:01:31.056                             : en:Part A
00:10:48.054                             : en:Part B
00:22:05.990                             : en:Ending
00:23:36.021                             : en:Preview

Looks like this is the cause:

If it will not help you then give a link to one of "0fps" video please.
We will take a closer look to it.

It's a rather unique video cause it jumps between 24 and 30 fps every few seconds for no visible reason.

> If I let it run it comes out looking sub-480 levels of low quality.

Yeah, this is because you're encoding with a hardware encoder (NVENC?) and it requires to specify the exact frame rate (which is completely unknown in this case) to know how to distribute the bit rate over the frames.
So, well, software encoders must work just fine.

> it's set to convert to 120FPS

In this case it only works in frame doubling mode, see the log:
> 12:02:13.986 [W]: Transcoder: playing at double rate, source frame rate unknown

Thanks again!