Соотношение сторон

Соотношение сторон настраивается. Это Aspect ratio (AR). В общем случае соотношение сторон должно оставаться на выходе тем же, что и было на входе.
Похоже, Ваше конкретное видео имеет нечитаемое значение aspect ratio. Таким образом aspect ratio сбрасывается до 1:1.
Вы можете исправить AR сторонними инструментами работы с контейнерами MKV, MP4 либо использовать опции кодировщика в режиме Мастер SVP.
Судя по быстрой справке по кнопке ? я нашел такие опции aspect ratio:

--ovcopts=aspect= sample aspect ratio
--ovcopts=sar= sample aspect ratio

Вы можете использовать их.

логи надо. перекодировщик должен сохранять aspect ratio при не-квадратном пикселе, это специально исправлялось и проверялось.

Вот попробовал сделать пример:
Кусочек закодирован перед SVP 720х576 1.33:1

На выходе, после SVP получаем 720х576 1.25:1

Вот лог:

15:45:35.179: ===== Starting mpv ======
15:45:35.179: Command line: C:\Program Files (x86)\SVP 4\mpv64\mpv.exe G:/Na.kagdom.kilometre.(1.sezon.01.seriya.iz.13).1969.XviD.DVDRip.mkv --o=D:/Рабочие материалы HD 2/Na.kagdom.kilometre.(1.sezon.01.seriya.iz.13).1969.XviD.DVDRip.SVP.temporary.mkv --no-audio --no-sub --no-sub-auto --input-ipc-server=mpvencodepipe --input-media-keys=no --no-msg-color --vf=vapoursynth:[C:\Users\Evgen\AppData\Roaming\SVP4\scripts\ffff.py]:4:8,format=dar=1.33333 --of=matroska --ovc=libx264 --ovcopts=crf=12,preset=slow,threads=8
15:45:35.213: (+) Video --vid=1 (*) (h264 720x576 25.000fps)
15:45:35.213: Audio --aid=1 (*) (ac3 2ch 48000Hz)
15:45:35.214: Audio --aid=2 (ac3 2ch 48000Hz)
15:45:35.214: Subs --sid=1 --slang=eng (*) (subrip)
15:45:35.365: VO: [lavc] 720x576 => 767x576 yuv420p
15:45:35.367: [vo/lavc] Opening encoder: libx264 H.264 / AVC / MPEG-4 AVC / MPEG-4 part 10 [libx264]
15:45:35.367: [ffmpeg] libx264: MB rate (38880000) > level limit (16711680)
15:45:35.377: [encode] Opening output file: D:/Рабочие материалы HD 2/Na.kagdom.kilometre.(1.sezon.01.seriya.iz.13).1969.XviD.DVDRip.SVP.temporary.mkv
15:45:35.377: [encode] Opening muxer: Matroska [matroska]
15:45:35.385: V: 00:00:00 / 00:05:49 (0%) {0.0min 0.0MB}
15:46:35.411: V: 00:02:41 / 00:05:49 (46%) {1.3min 133.1fps 217.2MB}
15:47:35.435: V: 00:05:12 / 00:05:49 (90%) {0.2min 129.7fps 209.6MB}
15:47:48.388: [encode] video: encoded 223538764 bytes
15:47:48.388: [encode] audio: encoded 0 bytes
15:47:48.388: [encode] muxing overhead 131414 bytes
15:47:48.388: Exiting... (End of file)
15:47:48.453: ===== Starting mkvmerge ======
15:47:48.453: Command line: C:\Program Files (x86)\SVP 4\extensions\code\mkvmerge.exe -o D:/Рабочие материалы HD 2/Na.kagdom.kilometre.(1.sezon.01.seriya.iz.13).1969.XviD.DVDRip.SVP.mkv D:/Рабочие материалы HD 2/Na.kagdom.kilometre.(1.sezon.01.seriya.iz.13).1969.XviD.DVDRip.SVP.temporary.mkv -D G:/Na.kagdom.kilometre.(1.sezon.01.seriya.iz.13).1969.XviD.DVDRip.mkv
15:47:48.508: mkvmerge v48.0.0 ('Fortress Around Your Heart') 32-bit
15:47:48.525: 'D:/Рабочие материалы HD 2/Na.kagdom.kilometre.(1.sezon.01.seriya.iz.13).1969.XviD.DVDRip.SVP.temporary.mkv': Using the demultiplexer for the format 'Matroska'.
15:47:48.541: 'G:/Na.kagdom.kilometre.(1.sezon.01.seriya.iz.13).1969.XviD.DVDRip.mkv': Using the demultiplexer for the format 'Matroska'.
15:47:48.541: 'D:/Рабочие материалы HD 2/Na.kagdom.kilometre.(1.sezon.01.seriya.iz.13).1969.XviD.DVDRip.SVP.temporary.mkv' track 0: Using the output module for the format 'AVC/H.264'.
15:47:48.541: 'G:/Na.kagdom.kilometre.(1.sezon.01.seriya.iz.13).1969.XviD.DVDRip.mkv' track 1: Using the output module for the format 'AC-3'.
15:47:48.541: 'G:/Na.kagdom.kilometre.(1.sezon.01.seriya.iz.13).1969.XviD.DVDRip.mkv' track 2: Using the output module for the format 'AC-3'.
15:47:48.541: 'G:/Na.kagdom.kilometre.(1.sezon.01.seriya.iz.13).1969.XviD.DVDRip.mkv' track 3: Using the output module for the format 'text subtitles'.
15:47:48.556: The file 'D:/Рабочие материалы HD 2/Na.kagdom.kilometre.(1.sezon.01.seriya.iz.13).1969.XviD.DVDRip.SVP.mkv' has been opened for writing.
15:47:48.556: Progress: 1%
15:47:49.073: Progress: 70%
15:47:49.376: Progress: 100%
15:47:49.376: The cue entries (the index) are being written...
15:47:49.376: Multiplexing took 1 second.

Так же прилагаю сриншот программы кодирования перед SVP.